2006年2月 校區(qū)防洪堤工程開工。壩段全長1150米，造價300多萬元，永泰縣水利水電工程公司中標承建。
2006年3月 二期學生公寓與食堂工程開工，造價約1700萬元，由福建六建建工集團公司中標承建。
2006年3月 成立“平安校園”創(chuàng)建工作領導小組，陳明非任組長，陳雄任副組長。特聘荊溪派出所林存永副所長為院綜治辦副主任。
2006年4月 福建省衛(wèi)生廳黨組對院領導班子及其成員進行考核。
2006年4月 成立教職工防洪抗險隊（3個分隊），先后兩次排除洪水倒灌和管涌險情，為確保學校師生生命財產(chǎn)安全發(fā)揮了重要作用。
2006年4、5月 舉辦校園文化藝術節(jié)。
2006年5月 田徑運動場竣工，通過驗收投入使用。
2006年6月 成功承辦福建省衛(wèi)生系統(tǒng)2006年運動會，有12個代表團、800多名運動員參賽。
2006年7月 院黨建和思想政治工作研究會成立大會暨2006年年會、第二十屆教研科研學術交流會召開。陳明非當選研究會會長，魏立娜、陳雄當選副會長。
2006年7月 校區(qū)防洪堤工程竣工。
2006年7月 06屆學生畢業(yè)，其中大專生241名，中專生1038人，合計1279人。
2006年8月 公開招聘輔導員15人、教師3人，并進行全日制集中培訓。
2006年8月 與長春醫(yī)高專共同承辦在長春舉行的全國高職高專教育藥學專業(yè)設置標準研討會，并受聘教育部委托，由我校牽頭負責制訂藥學專業(yè)設置基本標準。
2006年9月 新學年招收五年專新生850人，中專新生430人。
2006年9月 召開慶祝教師節(jié)暨2005－2006學年表彰大會，表彰教職工先進集體6個、先進個人91人。
2006年9月 藥物制劑技術和醫(yī)學檢驗技術兩個大專新專業(yè)通過福建省教育廳專家組辦學條件和教學管理檢查。
2006年9月 全院固定資產(chǎn)核查清理工作結束。 2006年10月 二期學生公寓與食堂工程竣工投入使用。
2006年10月 福建省高等院校設置專家組對我院申報福建醫(yī)學高等?？茖W校工作進行檢查指導。在此前后，申報醫(yī)高專和申請福建衛(wèi)生職業(yè)技術學院教育部報備工作緊鑼密鼓進行，并取得較大進展。
2006年11月 福建省副省長汪毅夫，省政府副秘書長方彥富，省教育廳廳長鞠維強、副廳長鄭祖憲，省衛(wèi)生廳副廳長陳秋立等領導來校視察。上級領導對我校近年來的發(fā)展給予了高度評價。
2006年11月 第二十九屆學生代表大會召開。
2006年11月 舉辦2006年體育節(jié)。這是我校遷入新校區(qū)后的第一個體育節(jié)，盛況空前。
2006年11月 與閩侯縣公安消防一中隊聯(lián)合進行學生消防逃生演練。
2006年11月 教工餐廳自助午餐開業(yè)。
2006年12月 出版首期《福建職業(yè)技術學院學報》。
2006年12月 藥學系制劑實訓車間工程開標，福建鵬興建設工程有限公司中標，工程造價200萬元。
2006年12月 申報衛(wèi)生檢驗與檢疫技術、口腔醫(yī)學技術、生物制藥技術、醫(yī)學影像技術、醫(yī)學檢驗技術五個大專新專業(yè)獲福建省教育廳標準。
2006年12月 屏障系統(tǒng)動物實驗室獲福建省科技廳頒發(fā)的STF級實驗動物使用許可證，認定等級在我省醫(yī)藥類學校中僅次于福建醫(yī)科大學。
2006年12月 校區(qū)一期基建工程通過福州市建筑工程消防驗收。
2006年12月 福建省省屬高等院校安全條件檢查組來校檢查?！捌桨残@”創(chuàng)建工作受到好評。
